Um Kontaminationen mit Fremd-DNA bzw. -RNA zu vermeiden, sollte die Probenentnahme mit Einmalhandschuhen erfolgen und die Probe (z. B. Blut) in separate, nur für die PCR bestimmte Probengefäße (z. B. EDTA-Röhrchen) eingebracht und gut verschlossen werden. Das erneute Öffnen des Probenröhrchens und ggf. Umfüllen oder Verteilen des Probenmaterials sollten strikt vermieden werden. Lithium-Heparin als Antikoagulans ist nicht geeignet, da es die PCR inhibieren kann und so zu falsch negativen Ergebnissen führt.

Im Gegensatz zur kulturell mikrobiologischen Untersuchung werden für molekularbiologische Untersuchungen sterile Abstrichtupfer ohne Transportmedium empfohlen. Bei geringer Erregerkonzentration kann es bei Abstrichen in Transportmedien zu falsch negativen Ergebnissen kommen.

Für humangenetische Untersuchungen werden 2 mL EDTA-Blut (kein Heparin) benötigt.

Andere Probenmaterialien wie z. B. Urin, Liquor, Sputum, BAL, Punktate, Sekrete, Fruchtwasser und Aszites sollten in sterile Röhrchen ohne Zusätze überführt und ebenfalls gut verschlossen werden. Gewebeproben (z. B. Biopsien) werden in sterile Röhrchen mit physiologischer Kochsalzlösung überführt und in dieser Form eingesandt. Fixierungslösungen wie Formalin o. ä. können zu DNA-Degradation, PCR-Inhibition und damit zu falsch negativen Ergebnissen führen.

Die quantitative HIV-1 RT-PCR kann nur aus Plasma (nicht aus Serum) durchgeführt werden. Wir benötigen für die Untersuchung 10 mL EDTA-Blut.  

Mycobacterium tuberculosis ist im Liquor nur in geringer Zahl zu erwarten. Aus diesem Grund werden 3 mL Liquor für die Untersuchung benötigt. 

Chlamydia trachomatis ist ein intrazellulärer Erreger. Bei Verdacht auf genitale Infektion bzw. Konjunktivitis wird zellhaltiges Material wie ein endozervikaler oder Urethralabstrich, Erststrahlurin bzw. Bindehautabstrich benötigt.

Die Proben müssen nicht gekühlt verschickt werden. Bis zum Versand kann das Probenmaterial im Kühlschrank bei 2-8°C gelagert werden. Wiederholtes Einfrieren/Auftauen sollte vermieden werden.